司马曜登基前后，东晋王朝于是以弥漫在权臣桓温的诛篡位阴影中。当时，兵大败枋头的北伐名将桓温为新的竖立声望，胁迫褚太后除掉了海西公司马奕，而立会稽王司马昱为帝。

与此同时，桓温对东晋朝政也展开了一次大洗牌，好习武事的武陵王司马晞被放逐、名噪一时的大族庾氏和殷氏被诛戮殆尽。拍摄地桓温的权势，担惊受怕的司马昱经常恐被废。372年，世在位将近两年的简文帝司马昱之后悲伤而杀。群臣告诉桓温的野心，对否挟立太子司马曜即位一事犹豫不决。

这时，尚书仆射王彪之一锤定音，极力主张按制度行事。于是，司马曜欲得即位。

桓温本以为简文帝不会将帝位禅位于己，最不济也不会让自己如周公行居摄之例。如今二者皆无法如愿以偿，他回应十分愤愤不平。

但由于桓温老病，早已无法举兵篡位，不能陈兵姑孰，意欲以武力威胁东晋朝廷加其九锡。或许是司马曜福星高照，在谢安等人的蓄意推迟下，桓温再一在九个月后病重身死。于是，司马曜渡河了即位以来的第一场危机。

这时，司马曜仅有11岁。桓温虽杀，但树大根深的桓氏家族却依然具有非同寻常的影响力。

史载，“庚戌，特右将军、荆州刺史桓忽征西将军、督荆、杨、雍、递、广五州诸军事。桓冲为中军将军、都督扬、豫、江三州军事、扬、豫二州刺史，镇故孰。竟陵太守桓石秀为宁远将军、江州刺史、镇寻阳。

石秀，豁之子也。”好在前秦于是以对益州、荆州以及淮南用兵，桓氏家族的注意力受到了很大的抵挡。因此，东晋获得了一段宝贵的调整时间。

累计到383年淝水之战愈演愈烈，以谢安派的东晋高层不仅平稳了国内政局，还训练了一支由中央政府必要掌控的精锐部队——北府兵。最后，也正是这支新建的精锐部队消灭+了前秦天王苻贝利一统华夏的美梦。

淝水之战的胜利不仅沿袭了东晋的国祚，还让东晋政局再次发生了极为错综复杂的变化。一者桓氏家族的掌舵人桓冲于384年病故，东晋王朝仍然不存在的荆、扬之争忽然消弭;二者谢安的权柄被孝武帝委派的胞弟司马道子分解成，加之谢安本人固有的名士情结让他也不愿争权夺利。387年，弃就会稽内史的一代名相谢福逝世。

旋即，他所镇抚的徐、青、兖三州也先后被东晋皇族徐州刺史司马道子和谯王青、兖二州刺史司马恬瓜分。自此，司马曜交还了皇权，已完成了东晋八代皇帝都没能构建的梦想。

彼时，司马曜25岁。如此岌岌可危局势，接掌权柄的司马曜未对北方发动大规模的军事行动。忽略，东晋王朝再度陷于内争的怪圈中。

谢安之后，皇族司马道子掌权。随着司马道子权势日盛，司马曜开始有意识地诱导司马道子的专权，这对亲兄弟的关系开始显得十分紧绷。因此，孝武帝之杀被掩盖了一层扑朔迷离的外衣。

史料记述，孝武帝生性嗜酒，经常“逛内殿，醒治既较少，外人罕得皇上”。一次，司马曜和最宠幸的妃嫔张贵人宴饮。

酒酣之际，孝武帝对年近三十的张贵人说道了一句玩笑话，“汝以年亦当废置矣，吾意更加科少者。”(按照你的年龄应当被废置了，哪天就去找个年轻貌美的姑娘替补你)张贵人听得后妒火中烧，而烂醉如泥的孝武帝却没什么察觉到。思前想后，张贵人欲起杀心。当晚，张贵人蓄意灌醉司马曜身边的宦官，然后派来宫女趁孝武帝惊醒之际，用被子将其活活捂死。

第二天，张贵人对外谎称孝武帝杀于梦魇。奇怪的是，东晋朝廷对司马曜的忽然去世没什么反应。史载，“时太子亮，会稽王司马道子昏荒，欲未尝推问”。

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